Хорошо, а что делать с URL? [...] Проще сделать поддиректории типа example.com/en/. [...] нужно как-то хранить связи между страницами на разных языках. И еще надо учесть, что некоторые страницы могут присутствовать только в одной языковой версии.

Ну да, поддиректории проще всего.

Для связи версий можно использовать чпу-урл, он же вроде не уникальный? — смотрим, есть ли страницы с теми же категорией и урлом, но другой локалью, и подтягиваем их.

Для тех, которые только в одной языковой версии — вот тут, ИМХО, нужны два варианта с галкой в админке — либо тупо не показывать переключатель локалей в таких местах, либо перекидывать на главную по нему.

Для тех, кому срочно — можно забить категории под языки, а в шаблоне тупо забирать REQUEST_URI и добавлять-менять в ней первый сегмент, хотя конечно это извращение и проверку наличия перевода в нем так просто не сделаешь.

ПС: насчет URL, его же можно и не использовать для фиксация языка (локали) страницы, пусть остается как есть. А можно и  использовать для принудительной установки локали, но тогда это не часть файловой структуры сайта, а как ЧПУ.

Пока у меня нет окончательного представления о поддержке нескольких языков.