Грубо говоря копия дерева сайта как в админке. Чтобы все пункты были а в какой сейчас нахожусь присваивался класс active.

Никак не могу php разобраться, при переходе какие то остаются страницы, а какие то пропадают.( Причем когда начинает пропадать, пропадают все предшевствующие)

<ul>
<li>Обычный пункт</li>
<li>
        Сложный пункт с подпапками
        <ul>
                <li>...</li>
        </ul>
</li>
</ul>

Сколько уровней вложенности вы хотите показывать в меню? Всех потомков текущей страницы?

А сейчас получается они разделяются на сабдиректории и артиклы и саб артиклы.

Как понимаю править нужно в articles.php на метке <!--s2_menu-->  Но тогда при обновлении все слетит, да и что то не особо получается

Если заходить на подпапку предыдущие папки(ссылки) исчезают.