Приходят ли вообще уведомления от движка, если подписаться на комментарии? Можете попробовать сделать простейший тестовый php-скрипт отправки письма (пойдет пример отсюда: http://ru.php.net/manual/ru/function.mail.php), чтобы понять, работает ли в принципе отправка писем.

В качестве крайней меры попробуйте обратиться в поддержку хостинга с указанием точного времени отправки письма, они могут посмотреть в логах, отправилось ли письмо.

Я не вижу причин, по которым эта логика должна нарушаться. Почему уведомления должны присылаться, например, авторам коллективного блога, каждый из которых написал всего несколько материалов и сильно ограничен в правах?

Если вам нужно, чтобы на какой-то e-mail приходили уведомления о новых комментариях, создайте нового «ложного» пользователя, не сообщайте никому его пароль, установите эту галочку и укажите нужный e-mail.

Это можно как-то отключить? чтобы приходили в любом случае?

Уведомления о новых комментариях приходят тем пользователям админки, у которых указана электронная почта и отмечена галочка «скрывать комментарии»: http://s2cms.ru/docs/admin_panel#users

И еще: должны ли на е-мейл приходить уведомления о новых комментах? В админке е-мейл указан.