Можно так попробовать:
$replace['<!-- s2_head_title -->'] = empty($page['head_title']) ?
(!empty($page['title']) ? $page['title'] : S2_SITE_NAME) :
$page['head_title'];
Если заголовок страницы задан, то используется он, иначе — название сайта S2_SITE_NAME.
Кстати, эту конструкцию можно перенести в файл _styles/<стиль>/<стиль>.php (всё равно он подключается в index.php), чтобы лишний раз не менять код движка, что полезно при его обновлении. Например, для стиля по умолчанию файл _styles/zeta/zeta.php будет выглядеть так:
<?php
if (!defined('S2_ROOT')) die;
$replace['<!-- s2_head_title -->'] = empty($page['head_title']) ?
(!empty($page['title']) ? $page['title'] : S2_SITE_NAME) :
$page['head_title'];
?>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="<?php echo S2_PATH.'/_styles/'.S2_STYLE ?>/site.css" />
<link rel="shortcut icon" type="image/vnd.microsoft.icon" href="<?php echo S2_PATH.'/_styles/'.S2_STYLE ?>/favicon.ico" />
<script type="text/javascript" src="<?php echo S2_PATH.'/_styles/'.S2_STYLE ?>/script.js"></script>
Надо перенести подключение этого файла ниже, чтобы при необходимости можно было изменять и другие метки.